He entrado al editor, y el error, a mí modo de ver, está en que los equipos duplicados (Amorebieta, Burgos, Ibiza y Real Sociedad B), salen como "inscritos" en segunda división B. Cada uno en su respectivo grupo.
Yo he hecho una prueba, los he eliminado de los equipos inscritos de segunda B, he empezado una nueva liga y... sí, ya no me aparecen duplicados. Están en segunda y ya.
Espero que os pueda servir de ayuda.