Mi problema es que no me sobreescribía las carpetas, sino que me las reemplazaba. Por ejemplo: si tengo 9 escudos y el update trae uno, al sobreescribir quedarían 10 escudos. A mi lo que me hacia era reemplazar esos 9 escudos por 1 que trae el update. Entonces me quedaba solo 1 escudo del update.